Beim Booten des Chips ist der Configuration Controller dafür zuständig, die Einstellungen des FPGA, die Speicherkonfiguration und den Speicherinhalt aus dem seriellen EEPROM zu lesen und das System entsprechen einstellen.
Zur Laufzeit kann der Configuration Controller auf Befehl des AVR hin das FPGA umprogrammieren. Auch die Speicheraufteilung ist zur Laufzeit änderbar.