Eine Bitstreamdatei zur Übertragung auf das Chip kann, wie in Abbildung 4 gezeigt, aus dem Ergebnis der ,,FPGA Place & Route`` Vorgangs und dem Compilierten AVR Code erzeugt werden. Es ist jedoch auch Möglich, nur eine dieser beiden Komponenten zu verwenden. Dies kann zu Testzwecken sinnvoll sein. Normalerweise nimmt man aber Beide.
Die fertige Bitstreamdatei wird nun mittels dem ,,Configurator Programming System`` (CPS) auf des serielle EEPROM übertragen. Da das FPLIC selbst nur flüchtigen Speicher enthält liest es bei jedem Neustart seine Konfiguration und Programmierung aus diesem Baustein ein.